Inca din anii de inceput ai activitatii sale stiintifice, Alexandru D. Xenopol s-a remarcat prin analize istorice, cu valoare incontestabila, publicate in revista Convorbiri literare.
In perioada 1888 – 1893, Alexandru D. Xenopol a tiparit la Iasi opera sa fundamentala, Istoria Romanilor din Dacia Traiana, avand sase volume si totalizand aproape 4. 000 de pagini. Este prima prezentare sistematizata, analitica si complexa a istoriei romanilor, din toate provinciile traditionale, incepand tratarea problematicii din cele mai vechi timpuri pana la unirea din anul 1859. In scopul finalizarii acestei sinteze, autorul a realizat cercetari indelungate in arhive si biblioteci din tara ori din strainatate.
In elaborarile sale surprinde structurile societatii romanesti, dinamica evenimentelor, cauzalitatea si finalitatea acestora. De asemenea, prezinta aspecte fundamentale proprii vietii sociale, economice, politice, administrative, culturale si religioase, definitorii pentru romani.
Abordand importanta teoriei in istorie, considerata ca una din principalele caracteristici ale acesteia, Alexandru D. Xenopol a insistat asupra perioadei cand a aparut ideea unitatii nationale in constiinta poporului roman. Pornind de la asemenea filozofie, prezinta, in esenta, factorii favorabili ce au calauzit unitatea genezei romanesti, traversand vremurile si ajungand la oportunitatea unitatii politice in timpul vietii sale. Opera lui Alexandru D. Xenopol, unitara ca sens, cuprinde o tematica diversificata, referitoare, de exemplu, la domniile lui: Stefan cel Mare (1871), Constantin Brancoveanu si Dimitrie Cantemir (1886), Scarlat Callimachi (1897), Alexandru Ioan Cuza (1903) sau despre Nicolae Kretzulescu (1915); amplele referiri la confruntarile militare dintre rusi si turci, prezentandu-se urmarile acestora pentru Tarile Romane (1880); luptele politice interne intre Draculesti si Danesti (1907) sau istoria partidelor politice in Romania (1910).
